Собор построен на месте деревянной церкви Спаса Всемилостивого, которую называли «Всеградской» и «Обыденной», так как она была возведена в 1654 году за одни сутки.Тогда в Вологде свирепствовала моровая язва, и строительство «обыденной» церкви было предпринято в качестве духовного подвига во избавление от болезни